อุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีพื้นที่ป่าที่สมบูรณ์ มีจุดเด่นทางธรรมชาติที่สำคัญและมีความสวยงาม คือน้ำตกห้วยเนียม น้ำตกกกมอนแก้ว ถ้ำจัน ถ้ำเจดีย์ เขาภูเมี่ยง เป็นต้น และหน้าผาที่สวยงามเป็นที่รู้จักทั่วไปของนักท่องเที่ยว และยังมีคลองที่ชื่อว่าคลองตรอน เป็นคลองซึ่งมีลำห้วยต่าง ๆ ได้ไหลมารวมกันจนมาเป็นคลองแห่งนี้ และไหลลงสู่แม่น้ำน่าน ซึ่งเป็นที่มาของชื่ออุทยานแห่งชาติคลองตรอน และมีสถานที่ท่องเที่ยวที่สวยงามไม่แพ้กับที่อื่น และเป็นที่ท่องเที่ยวแห่งใหม่ที่ถูกค้นพบความสวยงาม และมีการออกประชาสัมพันธ์ให้เหล่านักท่องเที่ยวได้ลองไปชื่นชมบรรยากาศของธรรมชาติที่ดีที่สุดอีกด้วย
อุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีลักษณะเป็นเทือกเขาสูงต่ำมีแนวเทือกเขา เป็นแหล่งกำเนิดของลำห้วยที่สำคัญ ที่ไหลจากแนวตะวันออกไปสู่แนวตะวันตก และไหลลงสู่แม่น้ำน่าน มีสภาพป่าไม้ทั่วไปเป็นป่าดิบแล้ง ดิบเขา สนเขา ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง มีแล่งท่องเที่ยวที่สำคัญคือ เขาเจดีย์ที่เป็นเขาหินที่มีรูปร่างคล้ายเจดีย์ย้อ อยู่ห่างจากบริเวณถ้ำประมาณ 500 เมตร มีจุดเด่นที่เฉพาะตัวที่เมื่อมองเข้าไปแล้วจะรู้สึกถึงความสวยงามขึ้นมาทันที ถ้ำจัน เป็นถ้ำขนาดกลาง อยู่บริเวณป่าสงวนคลองตรอนฝั่งขวามีความลึกจากปากถ้ำประมาณ 200 เมตร กว้างประมาณ 15 เมตร ภายในถ้ำมีความสวยงามด้วยโขดหินรูปทรงแปลกตา และมาที่ถ้ำวัวแดงและถ้ำเสือดาว ที่เป็นถ้ำในขนาดเล็กปากถ้ำมีขนาดที่แคบ ภายในโพรงถ้ำมีทางแยกอยู่หลายทาง ห่างจากถ้ำจันประมาณ 200 เมตร มาสู่น้ำตกคลองตรอนหรือน้ำตกห้วยโป่ง เป็นน้ำตกขนาดกลาง เกิดจากห้วยคลองตรอนที่ไหลตกลงมาเป็นน้ำตกหลายชั้น มีน้ำตก 2 แห่ง คือ แห่งแรก มี 4 ชั้น มีความสูงประมาณ 20 เมตร มีความสวยงามของธรรมชาติโดยรอบ พร้อมไปด้วยพื้นน้ำที่ใสสะอาด สามารถสร้างความสดชื่นอย่างเต็มที่ให้กับนักท่องเที่ยว ยอดดอยภูเมี่ยงตั้งอยู่ทางด้านหน้าของอุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีลักษณะเป็นเทือกเขาที่บ่งเขตจังหวัดอุตรดิตถ์และพิษณุโลก สามารถที่จะขึ้นไปยืนมองแล้วเห็นทัศนียภาพได้ถึง 2 จังหวัดพร้อม ๆ กัน
ยอดดอยภูเมี่ยงยังสามารถที่จะมองเห็นเขื่อนสิริกิตติ์ และมีพันธุ์ไม้ที่หายากอยางกุหลาบพันปี ข้าหลวง ดงตาว เป็นต้น ซึ่งนอกจากจะหายากแล้วยังเป็นพันธุ์ไม้ในพื้นที่ที่มีลักษณะที่สวยงามและโดดเด่นอีกด้วย ตามเส้นทางก็จะมีน้ำตกทั้งหมด 8 ชั้น แต่ละชั้นมีลักษณะของความสวยงามที่แตกต่างกันออกไป ซึ่งยอดดอยภูเมี่ยงนั้นเหมาะสำหรับนักท่องเที่ยวที่ต้องการความท้าทายและการผจญภัยที่สามารถชมความสวยงามของธรรมชาติไปพร้อม ๆ กันได้อีกด้วย